En dernier ressort, une fois les analyses qualitative et quantitative menées à bien, les investisseurs auront besoin de faire une dernière évaluation avant de laisser leur argent sur la table. Il leur faudra voir quels sont les frais demandés par le gestionnaire pour évaluer l'impact que ces frais auront sur la performance du placement, si impact il y a. 

La plupart des investisseurs sont habitués à des frais de gestion annuels où le gestionnaire perçoit un petit pourcentage sur les actifs qui lui sont confiés sous forme de paiement pour prestation de services (d'investissement). Les gestionnaires en investissement alternatif perçoivent généralement des frais de gestion  ainsi que des honoraires additionnels liés à la performance. Ces derniers tournent généralement autour de 15-20% du rendement engendré par le gestionnaire. En théorie, les honoraires liés à la performance sont un encouragement au gestionnaire pour maximiser la rentabilité sur les capitaux investis. 

Certaines primes vont plus loin en imposant un seuil critique en-dessous duquel les honoraires de performance ne s'appliquent pas. Les structures les plus répandues mesurent la valeur maximale atteinte par le portefeuille et/ou les performances minimales. Si les honoraires de performance reflètent la valeur maximale du portefeuille cela signifie généralement que les honoraires sont versés seulement lorsque la valeur des actions constituant le fonds excède la valeur maximale que ces actions avaient atteinte au cours des mois ayant précédé la période d'indemnisation du gestionnaire. Typiquement, si le gestionnaire réalise quelque perte que ce soit, les pertes accumulées doivent être recouvrées avant que des honoraires de performance puissent être versés. 

Un seuil minimal signifie que le gestionnaire doit dégager une rentabilité au-dessus d'un seuil de 5% avant que des honoraires de performance soient payés. 

Il est clair que dans une certaine mesure, encourager les gestionnaires à augmenter la rentabilité va à l'encontre des principes de gestion de risque que sous-tendent les stratégies d'investissements alternatifs. Soit le gestionnaire prendra davantage de risques pour atteindre une rentabilité supérieure, soit il passera à une stratégie à moindre risque une fois le point de repère fixé atteint. De manière occasionnelle, les gestionnaires utiliseront des honoraires de performance qui sont ajustés pour tenir compte du niveau de risque encouru, autrement dit, qui sont liés à la volatilité du fonds, afin d'aplanir les divergences. 

Des honoraires de performance excessifs peuvent avoir des conséquences sur les performances globales d'une stratégie. Les investisseurs doivent aussi se méfier de l'existence de l'accumulation de frais/honoraires. Ceci survient lorsque plusieurs contreparties ou intermédiaires sont impliqués dans la constitution ou dans la vente d'un fonds ou d'un produit. Des intermédiaires tels que les banques ou les courtiers peuvent facturer à l'investisseur les conseils qu'ils prodiguent ou leur travail de constitution de portefeuille, ou même les "garanties" qu'ils offrent sur le produit. Ces frais s'ajoutent aux honoraires facturés par les gestionnaires d'investissements alternatifs. Certains investissements alternatifs peuvent avoir quatre ou cinq niveaux d'honoraires inclus dans les coûts avant qu'ils ne soient vendus aux investisseurs. 

Pour résumer, même si les investissements alternatifs sont très différents d'un fonds traditionnel, les trois étapes qu'il faut franchir pour que l'investissement soit couronné de succès sont les mêmes.

1. Analysez vos objectifs d'investissement en termes de risque, récompense et facteur temps. A partir de là, vous pouvez commencer à créer un portefeuille optimal.   
2. Faites vos recherches vous-même. Regardez les caractéristiques de risque/rentabilité des différentes stratégies. Le plus souvent, la décision d'allouer des sommes à un investissement alternatif est prise du haut vers le bas - d'abord en regardant les stratégies, ensuite seulement les gestionnaires concernés.  
3. Demandez conseil à un gestionnaire professionnel, qui peut aider à  la constitution de votre portefeuille et peut également aider au choix et aux attributions des gestionnaires individuels. Travailler avec un conseiller est en partie une question de bon sens, mais dans certains pays c'est également une obligation légale.